Sesuai Keputusan DIRJEN Pendidikan Tinggi No.105/DIKTI/Kep/1984, tertanggal 21 Agustus 1984, Fakultas Teknik Unpatti memiliki 2 (dua) jurusan dan 2 (dua) program studi yakni:
- Jurusan Teknik Perkapalan, dengan Program Studi Teknik Perkapalan
- Jurusan Teknik Permesinan Kapal, dengan Program Studi Teknik Permesinan Kapal.
Tahun 1996 terjadi perubahan nama Jurusan dengan Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi No. 389/Dikti/Kep/1996 tanggal 23 Juli 1996 yaitu pada Jurusan Teknik Permesinan Kapal menjadi Jurusan Teknik Mesin yang didalamnya termasuk Program Studi Teknik Sistem Perkapalan. Kemudian berdasarkan pengusulan Fakultas Teknik ke DIRJEN DIKTI untuk membuka program studi baru, maka pada tahun 1996 juga dengan Keputusan DIRJEN Pendidikan Tinggi No. 390/Dikti/Kep/1996 tanggal 23 Juli 1996 di buka 2 program studi baru untuk jenjang S-1 pada Jurusan Teknik Mesin, yaitu Program Studi Teknik Mesin dan juga Program Studi Teknik Industri. Data di atas mengacu pada data dari Fakultas teknik tentang sejarah dibukanya Program Studi Teknik Mesin Pada Jurusan Teknik Mesin Fakultas Teknik Universitas Pattimura Ambon.
Berdasarkan hasil pelaporan tahun 2012 pada Pangkalan Data Perguruan Tinggi, bahwa awal berdirinya Program Studi Teknik Mesin Jurusaan Teknik Mesin Fakultas Teknik Universitas Pattimura adalah 16 Oktober 1996 dengan Perpanjangan Ijin Operasional sesuai Nomor SK Dikti 11845/D/T/K-N/2012 tertanggal 10 Mei 2012 dan akan berakhir tanggal 21 September 2015. Sejak dibukanya Program Studi, pengusulan untuk diakreditasi baru dilaksanakan tahun 2012 dan kemudian hasilnya dikeluarka tanggal 31 Januari 2013 dengan Nomor SK BAN-PT 030/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/1/2013 Peringkat C dan berakhir tanggal 31 Januari 2018.
Mengacu pada pasar kerja Internasional, Nasional dan Lokal baik pemerintah maupun swasta serta memperhatikan keahlian staf pengajar, maka Program Studi Teknik Mesin terarah pada tiga Bidang Keahlian:
- Konversi Energi
Bidang keahlian ini mempelajari bagaimana mengkonversikan energi dari sumbernya menjadi energi yang berguna
- Desain Sistem Mekanikal
Bidang keahlian ini mempelajari bagaimana cara mendesain suatu peralatan mesin berdasarkan konsep ilmu mekanikal
- Manufaktur
Bidang keahlian ini mempelajari bagaimana cara memproduksi benda ataupun bagian-bagian mesin ditinjau dari segi teknik, proses maupun manajamen
Sebelum mencapai gelar sarjana Teknik Mesin sesuai bidang keahlian di atas maka, mahasiswa harus menyelesaikan totol 147 SKS, yang terdiri dari Mata kuliah Umum 10 SKS, Mata Kuliah Dasar (Mata Kuliah Dasar Tekni 34 SKS dan Mata Kuliah Dasar Teknik Mesin 55 SKS), Mata Kuliah Keahlian Teknik Mesin (Mata Kuliah Keahlian Wajib 33 SKS, Mata Kuliah Keahlian Pilihan 4 SKS), Paraktek Kerja Lapangan/Magang 2 SKS, Kuliah Kerja Nyata 2 SKS, Proposal Skripsi 1 SKS dan Skripsi 6 SKS. Total SKS ini diselesaikan minimal 8 semester ( 4 tahun) dan maksimal 14 semester (7 tahun).
Program Studi Teknik Mesin memiliki 12 staf pengajar yang dirinci sebagai berikut: 10 orang bergelar Magister (S2), 2 orang bergelar Doktor (S3) dan dari ke dua belas orang tersebut 1 orang sementara melanjutkan studi Doktor (S3). Pembagian Dosen (Staf Pengajar) dilakukan sesuai bidang keahlian, hal ini dimaksudkan sebagai tim dalam proses mengajar, penelitian maupun pengabdian. Disamping itu juga dalam melakukan penelitian tertentu dapat dijalankan dengan mengolaborasi bidang keahlian. Pembagiannya adalah sebagai berikut:
- Bidang Keahlian Konversi Energi
- Nicolas Titahelu, ST., MT
- Rikhardus Ufie, MT
- Wulfilla Maxmilian Rumaherang, ST., MS.Eng., Ph.D
- Samy Junus Litiloly, S.Si. MT
- Bidang Keahlian Desain Sistim Meknikal
- Antoni Simanjuntak, MT
- Jonny Latuny, ST., MT., Ph.D
- Jandri Louhenapessy, ST., MT
- Benjamin Golfin Tentua, ST., MT
- Bidang Keahlian Manufaktur
- Jusuf Talaperu, ST., MSE.Tech
- Willem Marthinus Eric Wattimena, MS.Eng
- Arthur Yanny Leiwakabessy, ST., MT
- Nasir Suruali, ST. MT
Kedua belas Dosen Teknik Mesin di atas mengajar Mata Kuliah Dasar Teknik maupun Mata Kuliah Dasar Teknik Mesin dan Mata Kuliah Keahlian. Selain itu juga beberapa dosen yang mempunyai keahlian Dasar Teknik serta Mata Kuliah Umum dari luar Program Studi dipakai untuk membantu mengajar pada Progaram Studi Teknik Mesin.
Kurikulum yang diterapkan dalam proses pembelajaran adalah Kurikulum Berbasis Kopetensi yang disusun oleh Program Studi sekaligus mengevaluasi dari kurikulum sebelumnya pada tahun 2006. Evalusi dilakukan dengan menghadirkan pihak Universitas dan pemgguna lulusan (stakeholders). Sampai saat ini Program studi belum melakukan evaluasi terhadap kurikulum tersebut. Rencana Program Studi untuk mengevaluasi kurikulum dan akan disusun sesuai kurikulum KKNI. Sampai saat ini sementara disusun oleh TIM dan direncanakan awal tahun 2017 aka dilokakaryakan.